Më 31 janar të vitit 1997 ndodhi njëra nga betejat e para madhore të pjesëtarëve të Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës.
Tre strategët, Zahir Pajaziti, Hakif Zejnullahu dhe Edmond Hoxha ishin duke udhëtuar nga Prishtina në drejtim të Vushtrrisë, derisa grupi i tyre zbulohet nga sigurimi serb, të cilët kishin vënë pritë në fshatin Pestovë, ku të tre bien heroikisht në luftë me ta.
Aktivitetet ushtarake, Zahir Pajaziti i filloi gjatë viteve 90-ta. Në rrethanat e krijuara gjatë grevave të përgjithshme në Kosovë të mbajtura më 3 shator të vitit 1990, Zahiri dhe aktivistët tjerë filluan të punojnë për ngritjen e një rrjeti sigurimi në Kosovë.
Si rezultat i kësaj pune Zahiri dhe aktivistët e Orllanit krijojnë Shtabin e Njësisë Guerile në Orllan.
Në vitin 1991 pasi që në Kosovë fillojnë që punët e ilegales të koordinoheshin me legalen Zahiri shkon në Shqipëri për qëllime ushtarake.
Me të kthyer në Kosovë në vitin 1992, grupi i tij zbulohet dhe Zahirit i duhet të kalojë në ilegalitet për disa muaj.
Deri në 1992 ai kontribuoi në furnizimin me armatim të shtabeve të krijuara në rrethinën e Orllanit.
Gjatë vitit 1994, Zahiri filloi të angazhohet edhe në pjesë tjera të Kosovës për krijimin e UÇK-së. Kështu, ai është një nga themeluesit e Shtabit të Përgjithshëm të UÇK-së dhe anëtar i tij nga fillimi, nga ku fillon të bëhet koordinimi i aktiviteteve politike dhe ushtarake.
Zahiri shquhet në këtë kohë si organizues dhe zbatues i shkëlqyeshëm i sulmeve guerile ndaj forcave serbe në Kosovë, po veçanërisht në rajonin e Llapit.